Počeci CCI-a vežu se za rad drugih međunarodnih organizacija u Bosni i herecegovini koje se globalno identificiraju uz pojmove demokratizacije, nadgledanja izbornog procesa, jačanja trećeg sektora, kao što su National Democratic Institute (NDI), International Foundation for Electoral Systems (IFES), itd. Osnivačko jezgro CCI-a poteklo je upravo iz međunarodnih organizacija, gdje su vođeni višegodišnjim iskustvom, tokom 1998. i 1999. godine, domaći civilni aktivisti odlučili formirati prvu veliku, u pravom smislu, bosnakohercegovačku nevladinu organizaciju koja će u teritorijalnom i programskom smislu obuhvatiti cijelu zemlju i sve njene građane. Organizaciju koja će beskompromisno i aktivno zagovarati zaštitu ljudskih prava, sloboda, tolerancije i uvažavanja različitosti, odgovorno i transparentno upravljanje državom, odgovornu i participatornu ulogu građana u donošenju odluka, kao i uspostavljanje mehanizama za rast i razvoj domaćeg nevladinog sektora.

Već u ranim danima, CCI se lagano profilira u ono kako Edward Shils, jedan od najpoznatijih teoretičara civilnog društva, opisuje funkciju organizacija civilnog društva, a to je da se brinu za interese cijelog društva i staraju za zajedničko dobro.

U prvih nekoliko godina od osnivanja, CCI je bio fokusiran na monitornig izbornog procesa, pri čemu je bio lider tzv. građanskog nadgledanja izbora, što je uz tadašnje misije OSCE-a i drugih međunarodnih posmatrača bila garanacija fer i poštene izborne utrke i legitimiteta novoizabranih vlasti.

S druge strane, CCI je u periodu 1999. – 2004. vodio aktivnosti i na organiziranju građana u lokalnim zajednicama u svrhu rješavanja akutnih problema, te, pokrenuo i uspješno realizirano nekoliko desetina lokalnih ili regionalnih kampanja, koje su utjecale na poboljšanje kvaliteta života desetina hiljada građana - kampanja koje su doprinjele jačanju neposredne demokratije, te omogućile prve velike uspjehe zagovaračkih inicijativa višeg nivoa, pokrenutih i vođenih od strane organizacija civilnog društva. Dobar primjer za to jeste uspješno sprovedena kampanja za neposredni izbor načelinka općina od strane građana – birača, što je bila CCI-eva inicijativa, koja je nakon intenzivne dvogodišnje kampanje, pretočena u javnu politiku 2004. godine.

U periodu 2002. – 2006. godina, nakon zaokruživanja legislativnog okvira za formiranje i rad nevladinih organizacija, rapidno raste njihov broj, kao i broj onih koji u svom opusu djelovanja iskazuju kompatibilne vrijednosti, interesovanja i ciljeve bliske onima za koje se CCI zalaže. S jedne strane, to će pomoći jačanju fronta organizacija civilnog društva koje sve više popunjavaju prostor između građanina i države, između politike i kapitala, te između problema i rješenja. S druge strane, dolazi do jačanja kooperacije, ali i konkurencije, unutar nevladinog sektora što u perspektivi vodi ka sektorskom specijaliziranju, profesionaliziranju i ekspertizi, što su neophodne osobine za adekvatno učešće u javnom životu i ispunjavanje vlastite svrhe.

U tom periodu, dolazi do velikog rasta CCI-evih kapaciteta koji od prvobitnih 3, u jednom trenutku ima 8 reginalnih ureda, te blizu 50 uposlenih. U istom periodu fokus CCI-evog djelovanja polako se prenosi na kampanje višeg nivoa, odnosno pomjeranja sa lokalnog na regionalni, entitetski ili državni nivo. Takođe, CCI postaje jedan od lidera sve glasnije i artikuliranije kritike aktuelnih vlasti na različitim nivoima, ali u isto vrijeme jedan od lidera partnerstva trećeg sektora sa institucijama vlasti i političkim strankama

Omogućiti ostvarenje interesa građana - postaje ključna preokupacija većine CCI-evih aktivnosti, projekata i programa u posljednjih 5 godina. Od 2003. na ovamo, redaju se uspješne kampanje, poput ratifikacije UN-ovih Standardnih pravila za izjednačavanje mogućnosti osoba sa invaliditetom na nivou BiH, te prilagođavanje seta zakona ovom međunarodnom dokumentu, uvođenje neposrednog izbora direktora osnovnih škola od strane roditelja prvo u Tuzlanskom kantonu, a potom i u drugim djelovima zemlje, proglašenje Prokoškog jezera Spomenikom prirode, uspostavljanje politka za izdvajanja za socijalne, humanitarne, invalidske i druge svrhe, sredstvima prikupljenim od igara na sreću, instaliranje trajnih politika anketiranja građana na lokalnom nivou pri donošenju budžeta i drugih strateških dokumenata na nivou lokalne samouprave širom zemlje, uz oragnizaciju CPCD, liderska uloga u formiranju pokreta GROZDi kreiranju Građanske platforme za izbore 2006. itd.

Godine 2005. i 2006. postaju prelomne za novi kvalitativni iskorak CCI u nekoliko aspekata. Prvi od njih jeste taj da CCI, između ostalog, postaje i svojevrsna fondacija, tj. organizacija koja osigurava izvore finasiranja drugim NVO-ima. Tokom 2005. i 2006. na temelju platforme djelovanja pokreta GROZD, CCI, uz podršku međunarodnih donatora, pruža podršku za preko 20 projekata drugih NVO-a koji su bili fokusirani na zagovaranje i promociju Građanske platforme, na širenje koalicije GROZD, na traženje odgovornosti političkih stranaka u predizbornoj utrci, te na promociju biračkog prava i borbe protiv izborne apstinencije, kao i na djelovanje ka rješavanju ili umanjivanju dominantnih životnih problema poput siromaštva, nezaposlenosti, socijalne ugroženosti, lošeg položaja penzionera, mladih, izbjeglih i raseljenih, itd.